Češnjak je plitki korijenski sustav u obliku niza bez glavnog korijena. Glavna skupina korijena je raspoređena u sloju tla unutar 5-25 cm, s horizontalnim promjerom od 30 cm. Što se tiče morfologije biljke, sama lukovica se razvija iz metamorfnih grana, a njezine internodije su skraćene na"disk lukovice". Baza i rubovi diskova stabljike ukorijenjeni su s korijenjem na kojem su listovi i pupoljci primitivni. Nakon diferencijacije cvjetnih pupova, vršni pupoljci formiraju cvjetne stapke, a bočni pupoljci se šire i tvore češnjeve češnjaka. Način razmnožavanja češnjaka je aseksualna reprodukcija, a organ za razmnožavanje je bočni pupoljak na tijelu majke', odnosno pupoljak ljuske. Odrasla biljka češnjaka sastoji se od korijena, lažnih stabljika, listova, stabljika, lukovica itd.
Listovi češnjaka uključuju tijelo lista i lisni omotač. Listna ovojnica je cjevasta i raste kružno na disku stabljike. Višeslojne ovojnice lista grle jedna drugu i tvore pseudostebljiku koja ima funkciju mehaničke potpore i dostave hranjivih tvari u lukovicu.
Stabljika češnjaka sastoji se od dva dijela: osi cvijeta i omotača. U omotaču se nalaze cvjetovi i zračne lukovice, ali većina sorti samo zavijaju i ne cvjetaju, ili iako mogu cvjetati, razvoj cvjetnih organa nije u potpunosti razvijen i ne može tvoriti sjeme. Opće sorte mogu tvoriti nekoliko ili desetke zračnih lukovica u ovojnici. Zračne lukovice se mogu koristiti za razmnožavanje biljaka češnjaka. U to vrijeme općenito se formirao češnjak s jednom glavom i koristio se za poljoprivrednu proizvodnju jednoglavog češnjaka. Sjetvom češnjaka s jednom glavom može se dobiti jednoliko podijeljena, velika lukovica dobre nutritivne kvalitete. Proizvodnja češnjaka ovom metodom spolnog razmnožavanja može eliminirati toksine nakupljene u dugotrajnoj proizvodnji češnjaka, a također može poboljšati kvalitetu sjemena češnjaka. Vitalnost sjemena češnjaka može ostvariti pomlađivanje sjemena češnjaka, povećati prinos i poboljšati kvalitetu.
Pupoljci češnjaka nazivaju se i češnjaci, koji su u botanici bočni pupoljci skraćenih diskova stabljike i vegetativni su organi za pohranu i reprodukcijski organi češnjaka. Ljuski pupoljak se sastoji od dva sloja ljuski i mladog pupa. Pupoljci ljuske rastu na kratko skupljenim stabljikama. Sorte s velikim laticama uglavnom su koncentrirane u pazušcima 1-2 lista u blizini stabljika češnjaka. Općenito se u svakoj pazušci lista pojavljuju 2 do 3 ljuskasta pupa. Središnji je glavni pupoljak, a dvije strane su pomoćni pupoljci. Dodatni pupoljci mogu se povećati kako bi formirali žarulje organa proizvoda; sorte sitnih latica uglavnom tvore ljuskaste pupoljke u 1 do 4 pazuha lista, a u svakoj pazušci lista 3 do 5 ljuskastih pupova. Broj formiranih režnjeva češnjaka je velik, a pojedinac je mali, a pupoljci vanjske ljuske su veći od pupoljaka unutarnje ljuske.
Prema broju krugova režnjeva češnjaka raspoređenih na tanjuru s peteljkom, može se podijeliti u dvije vrste: jedna vrsta režnjeva češnjaka raspoređenih u poređanom krugu na tanjuru s peteljkom, općenito 4 do 15 režnjeva češnjaka, ova vrsta češnjaka je uglavnom veliki izbor, kao što je ljubičasta koža češnjaka; drugi su režnjevi češnjaka raspoređeni u dva ili više krugova na stabljici, općenito 20 do 35 režnjeva češnjaka, uglavnom malih češnja, kao što je češnjak psećih zuba.
